انیمیشن بچه های بوفالو داستان دو یتیم ایرلندی را روایت می‌کند که در سال 1886 به نیویورک می‌رسند. آن‌ها سفری هیجان‌انگیز را با قطاری ترنس‌کانتیننتال آغاز می‌کنند تا عمویشان را پیدا کرده و میراث خانوادگی خود را مطالبه کنند. در این مسیر، آن‌ها با یک معلم دلسوز که گروه دیگری از یتیمان را همراهی می‌کند، دوست می‌شوند. با این حال، ماجراجویی آن‌ها با حمله راهزنان روبه‌رو می‌شود که ...