انیمه‌ی سریالی پسران باکوماتسو به دوران حکمرانی سامورایی‌ها بر ژاپن بازمی‌گردد. در این دوران که پلیس شین سن گومی توسط یک دشمن بسیار قدرتمند نابود شده و نظم و قانون از کشور رخت بسته است، تنها امید باقیمانده برای بازگرداندن امنیت و آرامش به ژاپن، وجود گروهی از نیروهای پلیس است که با یک عملیات فوق سری ماموریت خویش را آغاز می‌کنند.