سریال جناب قاضی داستان دو پدر را روایت می‌کند که هر دو برای محافظت از فرزندانشان به هیولا تبدیل می‌شوند. یکی از این پدرها قاضی سونگ پان-هو است که به خاطر عدالت‌خواهی‌اش شناخته می‌شود. او زندگی موفقی دارد و همواره در مسیر درست قدم برداشته است. از سوی دیگر، کیم کانگ-هیون رئیس یک سازمان جنایی است که به شدت بی‌رحم و ترسناک است، اما عشق پدرانه عمیقی به فرزندش دارد. زندگی این دو شخصیت با یکدیگر گره می‌خورد و در جریان یک حادثه، این دو پدر در مقابل هم قرار می‌گیرند.