داستان این انیمه ماجراهای مونکی دی. لوفی و خدمه‌اش را پس از ورود به جهان جدید دنبال می‌کند. پس از دو سال تمرین و پیشرفت چشمگیر، آن‌ها به جزیره مردان ماهی می‌رسند، مکانی افسانه‌ای که در اعماق دریا قرار دارد. اما این سفر به‌سادگی پیش نمی‌رود، زیرا جزیره تحت سلطه گروهی از شورشیان به رهبری هودی جونز است، یک مرد ماهی افراط‌گرا که قصد دارد سلطه انسان‌ها را سرنگون کند.