سریال «واتسون» داستان دکتر جان واتسون را شش ماه پس از مرگ دوست و همکارش، شرلوک هولمز، به دست موریارتی روایت می‌کند. واتسون به حرفه پزشکی بازمی‌گردد و مدیریت کلینیکی تخصصی برای درمان بیماری‌های نادر را در پیتسبورگ، پنسیلوانیا، بر عهده می‌گیرد. او در این کلینیک با استفاده از مهارت‌های استنتاجی که از همکاری با شرلوک آموخته است، به حل معماهای پیچیده پزشکی می‌پردازد. با این حال، گذشته او با شرلوک و موریارتی همچنان او را دنبال می‌کند و او باید با چالش‌های جدیدی روبه‌رو شود.