داستان انیمیشن سریالی "دزدان دریایی کوچک" درباره ماجراجویی‌های یک پسربچه و دختربچه بازیگوش است که با هم همسایه هستند. با آمدن یک خانواده از دزدان دریایی زندگی ساکت و آرام آن‌ها از این رو به آن رو می‌شود. با از راه رسیدن همسایه‌های جدید، رویای ماتیلدا به حقیقت می‌پیوندد و دیگر امکان ندارد حوصله‌اش سر برود! جیم پسر همسایه و ماتیلدا با هم دوست صمیمی می‌شوند و خودشان را وارد دردسرهای زیادی می‌کنند، آرامش شهر کوچکشان را بر هم می‌زنند و هر روز را تبدیل به یک ماجراجویی جدید می‌کنند!