«بهترین انیمه!» بر اساس رمانی به همین نام نوشته میزوکی تسوجیمورا ساخته شده است. داستان درباره هیتومی سایتو، کارگردان تازه‌کاری است که اولین پروژه انیمه خود را کارگردانی می‌کند و برای کسب عنوان «برترین انیمه» با کارگردان برجسته‌ای به نام چیاهارو اوجی رقابت می‌کند. چیاهارو، پس از هشت سال دوری، به دنیای کارگردانی بازگشته و هیتومی با همکاری تهیه‌کننده‌ای خاص و همکاران منحصربه‌فردش تلاش می‌کند تا در این رقابت پیروز شود.