فیلم سینمایی زمزمه قلب، داستان شیزوکو تسوکیشیما دانش‌آموزی در پایه سوم دوره‌ی راهنمایی است. او به خواندن کتاب‌ها علاقه دارد. شیزوکو با سیجی آماسوا، که در همان کلاس و مدرسه شیزوکو تحصیل می‌کند، آشنا می‌شود و این آشنایی سبب می‌شود شیزوکو هدف واقعی‌اش را از زندگی بشناسد. کشفی که زندگی او را به طور کامل تغییر خواهد داد…